El interior guarda un interesante Museo donde se muestran excelentes ejemplos del patrimonio artístico de la Colegiata, destacando su colección de esculturas, tapices y pinturas, así como de ornamentos litúrgicos.
Junto al jardín hay un corredor con una colección de óleos. La galería y las tres salas siguientes reproducen el ambiente de los siglos XVI y XVII: reproducción en escayola de los artesonados de madera y pavimento de losetas de barro cocido de Jaén. En sus paredes seis lienzos de la sacristía con temas bíblicos dentro de arquitecturas barrocas. También varios cuadros de la escuela flamenca.
La Sala de los Fundadores, hoy sala de espera, cuenta con dos retablos de los fundadores: Magdalena de Ulloa y Luis de Quijada, así como una fotografía de Franco dedicada a la Compañía. Un tapiz con los blasones de los fundadores y lienzos, algunos de la escuela de Rubens.
En la portería una armadura de artes y el lienzo de la Virgen consolando a San Alonso Rodríguez.
La Sala Lepanto, antigua habitación, expone recuerdos de la batalla de Lepanto. Destaca la bandera de la nave capitana turca, arrebatada por Don Juan de Austria, de la que pende una reproducción de la embarcación y el Cristo que la acompañó (talla salvada por Luis de Quijada del fuego de los moriscos); así como el Lignum Crucis que regaló San Pio V a D. Juan, dos prensas y una colección de libros.
La iglesia está repleta de retablos, esculturas, artísticas rejas y frontales de altar. En un gran azulejo aparece un párrafo de la aprobación de la fundación del colegio firmado por San Francisco de Borja. Retablo mayor diseñado por Juan de Herrera, en alabastro sobre pedestal de piedra de Urueña. Capilla relicario con tallas de Tomás de Sierra.
En la sacristía hay una colección de ropas litúrgicas e imágenes del Niño Jesús. Bajo el altar se encuentra la cripta donde están enterrados los fundadores. Al lado hay una escalera que da paso a la Capilla del Noviciado, sobre la bóveda de la sacristía.
El recorrido termina en el jardín entre los restos del antiguo acueducto.
The interior houses an interesting Museum where excellent examples of the artistic heritage of the Collegiate Church are shown, highlighting its collection of sculptures, tapestries and paintings, as well as liturgical ornaments.
Next to the garden there is a corridor with a collection of oil paintings. The gallery and the following three rooms reproduce the atmosphere of the 16th and 17th centuries: plaster reproduction of the wooden coffered ceilings and clay tile flooring from Jaén. On its walls six canvases of the sacristy with biblical themes within baroque architecture. Also several pictures of the Flemish school.
The Founders Room, today a waiting room, has two altarpieces of the founders: Magdalena de Ulloa and Luis de Quijada, as well as a photograph of Franco dedicated to the Company. A tapestry with the coats of arms of the founders and canvases, some from the Rubens school.
In the goal an art armor and the canvas of the Virgin consoling San Alonso Rodríguez.
The Lepanto Room, an old room, exhibits memorabilia from the battle of Lepanto. The flag of the Turkish flagship stands out, seized by Don Juan of Austria, from which hangs a reproduction of the boat and the Christ that accompanied it (a carving saved by Luis de Quijada from the fire of the Moors); as well as the Lignum Crucis that Saint Pio V gave to D. Juan, two presses and a collection of books.
The church is full of altarpieces, sculptures, artistic bars and altar fronts. On a large tile there is a paragraph approving the foundation of the school signed by San Francisco de Borja. Main altarpiece designed by Juan de Herrera, in alabaster on a Urueña stone pedestal. Reliquary chapel with carvings by Tomás de Sierra.
In the sacristy there is a collection of liturgical clothes and images of the Child Jesus. Under the altar is the crypt where the founders are buried. Next to it there is a staircase that leads to the Novitiate Chapel, on the vault of the sacristy.
The tour ends in the garden among the remains of the old aqueduct.
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