"À peine achevée, en 1524, la tour est livrée aux impériaux par son commandant Jehan du Mottet, pour seulement 500 écus. Réarmée par le roi de France, la tour résiste à la flotte de Charles Quint, qui jette l'ancre dans la rade en 1536.
En 1543, à la suite de l'alliance de François 1er avec le sultan Soliman le Magnifique, la flotte turque s'installe à Toulon pour y hiverner. Toute l'artillerie des remparts est mise en sécurité dans la Tour tandis que la ville est évacuée par ordre du roi.
En 1572, après les terribles massacres de la Saint Barthélémy, le commandant Nicolas de Pignan donne asile aux familles protestantes toulonnaises dans la Grosse Tour.
En 1596, durant les troubles de la Ligue, le commandant du Château d'If, resté fidèle à Henri IV, y rencontre le Duc de Guise, Gouverneur de Provence, afin de s'entendre sur la façon de chasser les Espagnols et ligueurs de Marseille, qui s'était déclarée République Indépendante.
Dans son "Mémoire sur les fortifications de Toulon" daté de 1679, Vauban considère la Grosse Tour comme une "très belle pièce à plusieurs étages et batteries" mais inachevée. À partir de 1680 des aménagements sont effectués et le programme défensif souhaité par Vauban sera en partie effectué après son "Mémoire" de 1701 (donjon, parapet, mur formant chemin de ronde, ...).
En 1707, lors du siège de Toulon, elle participera activement à la défense du port mais ne sera pas attaquée.
Dans la seconde moitié du XVIIIe siècle, sa vocation défensive diminuant, la grosse tour deviendra vite une prison sordide où les insurgés politiques, les paolistes corses et tous les révolutionnaires croupiront dans des conditions terribles. L'espérance de vie n'y est que de quelques mois.
Lors du départ pour la campagne d'Égypte en 1798, Joséphine de Beauharnais salue depuis la plate-forme les 200 navires de l'expédition. L'année suivante, Napoléon Bonaparte ordonne des réparations du bâtiment.
En 1819, le pont levis est remplacé par un pont dormant. En 1825, la chapelle est supprimée et le cimetière désaffecté. Dans les années 1840, on renforce l'armement de la Tour.
À la fin du XVIIIe siècle, son rôle stratégique s'estompera peu à peu, d'autres forts, plus efficaces, notamment le Fort Lamalgue, l'ayant remplacée. Elle remplira ensuite surtout la fonction de prison et d'entrepôt militaire. Au cours de la guerre franco-allemande de 1870, elle abrita l'or de la Banque de France.
Durant la guerre de 1914-1918, de nombreux prisonniers de guerre allemands y sont internés. En même temps elle sert de casernement aux contingents attendant de rejoindre le front. Pendant la Seconde Guerre Mondiale, la Tour est occupée par les Allemands avec une garnison et elle est très endommagée par les bombardements de 1943-1944.
En 1951, elle fut reconvertie en une annexe du Musée national de la Marine, avant de rentrer dans le patrimoine communal, le 19 octobre 2006. La ville de Toulon, qui l'a rachetée, l'ouvre au public pour des visites gratuites. Un parc paysager a été aménagé non loin pour une visite agréable en bord de mer.
La Tour royale est classée Monument historique depuis le 11 avril 1947."
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